Marmaray saatleri, Halkalı-Gebze ve Halkalı arasında 15 dakika aralıklarla, Ataköy-Pendik ve Ataköy arasında 8 dakika aralıklarla sefer yapmaktadırlar. Saat 21:00’den sonra Pendik’den kalkış yapan trenlerin son durağı Zeytinburnu, Gebzeden kalkanların son durağı ise Halkalı’dır. Hafta sonu (Cuma, Cumartesi) en son saat 01:20’ye kadar 30dk arayla ilave seferler vardır.
